Vizcarra sinh ra ở Lima, con trai của César Vizcarra Vargas, là thành viên của APRA, và Doris Cornejo, một giáo viên giáo dục tiểu học. Cha ông là thị trưởng của Moquegua và là thành viên của Quốc hội lập hiến năm 1978. Gia đình anh sống ở Moquegua, nhưng chuyển đến Lima do biến chứng phổi khiến anh rơi vào tình trạng tử vong khi sinh.

Về cha mình, Vizcarra tuyên bố ông đã để lại ảnh hưởng lâu dài đến cuộc đời mình.